Для того что бы показать необходимые свойства для определенного раздела нужно:

Создать свойство для раздела: (http://prntscr.com/8zkii4) -> (http://prntscr.com/8zkirw) -> (http://prntscr.com/8zkj1d) ->
-> (http://prntscr.com/8zkjed) -> (http://prntscr.com/8zkjww) Вот такие свойства у нас получились для раздела "чехлы"(Группу свойств вы создаете сами и название группе так же пишите которое вы хотите)
Настроить форму добавления товара: (http://prntscr.com/8zkkmy) -> (http://prntscr.com/8zkksa) ->
-> Выделить таккак показано на рис (http://prntscr.com/8zklud) -> нажать кнопку удалить (http://prntscr.com/8zkmha)

Теперь при выборе раздела свойства меняются:
Выбран раздел "Авто" (http://prntscr.com/8zkn0g) его свойства: (http://prntscr.com/8zkn6s)
Выбран раздел "Чехлы" (http://prntscr.com/8zknbt) его свойства : (http://prntscr.com/8zknhi)  

Так же можете изучить текст статьи http://dev.1c-bitrix.ru/community/blogs/product_features/smart_filter.php
В 12 версии БУСа вышел функционал, позволяющий в одном инфоблоке хранить разнотипные товары с присущими им свойствами. При этом товары «не мешают» друг другу в каталоге, поскольку не перекрещиваются по свойствам. Свойства привязываются к категориям товаров, каждая категория наследует свойства вышестоящей.
В данном примере я буду настравивать свойства для двух разделов инфоблока: “Бумага для оргтехники” и ”Картриджи”.
Общие свойства: Артикул (строка), Производитель (строка)
Свойства элементов раздела “Бумага для оргтехники”: Класс (список), Кол-во листов в пачке (число), Формат (список)
Свойства элементов раздела “ Картриджи ”: Ресурс (число)
И так,Имеется инфоблок. После того, как в его настройках отмечена опция “ Является торговым каталогом”, инфоблок становится доступен в разделе “Магазин”. Отсюда и рекомендуется производить дальнейшее управление и работу с разделами, товарами и их свойствами.
Создаём требуемые свойства.
Далее в настройках каталога указываем свойства, которые присущи всем товарам.
В этот список автоматически попадают свойства, в параметрах которых отмечена опция “Показывать на странице редактирования элемента ”.
Создаем и настраиваем разделы
Кроме обычных параметров указываем какими свойствами будут обладать товары раздела“Бумага для оргтехники”
Указываем, что по этим свойствам возможна фильтрация товаров в умном фильтре.
Настраиваем второй раздел
Настраиваем форму добавления товара, чтобы показывались свойства текущего раздела.
Удаляем из формы свойства и заголовок “—Значения свойств”.
После сохранения получаем:
Вид формы, если раздел не выбран
Вид формы при добавлении товара в раздел “Бумага для оргтехники”
Вид формы при добавлении товара в раздел “Картриджи”Данная настройка поддерживатеся только в форме товаров в разделе “Магазин”.