На некоторых версиях php неверно отрабатывают функции
imagealphablending и imagesavealpha

Следующий код выполненный на php


$wmpath = 'путь до картинки водяного знака';

$wm = imagecreatefrompng($wmpath);

imagealphablending($wm, false);
imagesavealpha($wm, true);

imagepng ( $wm, $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"].'/upload/resizer_test/water.png', 0 );


должен брать картинку водяного знака и сохранять ее без изменений в файл
/upload/resizer_test/water.png

Если это не так, значит версия php установленная на вашем хостинге выполняет некорректно функции
imagealphablending($water, false);
imagesavealpha($water, true);

Необходимо изменить версию php на хостинге.