Сначала включаем режим правки:


Затем в настройках компонента выбираем нужные нам цены для нужного нам региона
Настройка цен


Жмем "Изменить страницу" -> "В режиме PHP-кода"



Нам надо определить 2 фильтра (один для SKU\Торговых предложений) второй для самих товаров (если у вас не используется торговые предложения то можно только 1 фильтр задействовать:



$arrFilter = &$GLOBALS['arrFilter'];
$arSKUrFilter = &$GLOBALS['arrSKUFilter'];
$arFilter = array(
        ">CATALOG_STORE_AMOUNT_23" => 0,
);
$arrFilter = $arFilter;
$arSKUrFilter = $arFilter;

где определяем что должны выбраться товары и их торговые предложения у которых остаток на складе с ID 23 больше (символ > в начале CATALOG_STORE..) нуля.

Если нужно чтобы в одну выгрузку попали товары которые есть хотя бы на двух складах.
Например для Битроник2 ПРО -- нужно перечислить все склады которые относятся к 1 городу.
То нам нужно определить переменную $arFilter следующим образом:

$arFilter = array(
         array(
                   "LOGIC" => "OR",
                    array(">CATALOG_STORE_AMOUNT_23" => 0,),
                    array(">CATALOG_STORE_AMOUNT_25" => 0,),
                    // перечисляем таким способом все нужные склады
          ),
);

и так далее, а затем обновить файл выгрузки.

Готовые примеры для решения Bitonic2 PRO
Пример для МосквыПример для Красноярска

Выгрузка для Москвы
Выгрузка для Красноярска
Выгрузка для Екатеринбурга
Выгрузка для Новосибирска