Такое может случиться, если за 1 шаг компонент пытается обработать большое количество товаров-и упирается в лимит по времени или по памяти на вашем веб сервере.
Чтобы этого не происходило, в компонент специально добавлен функционал пошагового создания файла выгрузки.

В параметрах компонента укажите-какое количество товаров обрабатывать за 1 шаг:
2017-05-01_1118.png
Для большинства наших клиентов-оптимальное количество-это 100 товаров за 1 шаг.