Данный функционал работает следующим образом:
К примеру у вас есть правило для корневого подраздела:
2017-04-27_1236.png
Это означает, что для любого подраздела будет срабатывать это правило.
В данном примере рассматривается правило, которое применяется при фильтрации товаров по наличию.
Вот пример в разделе:
2017-04-27_1240.png
В подразделе:
2017-04-27_1241.png
Как мы видим, и в разделе и в подразделе-изменились метаданные.
Предположим, что вам не нужно, чтобы данное правило работало в подразделе.
Для этого идем в подраздел в админке сайта, и отключаем наследование:
2017-04-27_1242.png
Нажимаем эту кнопку-и наследование отключается.
Таким образом, в подразделе данное правило работать не будет.