• Если вы деактивировали раздел, а товары из него можно найти через модуль поиска:
    Элементы в разделе не деактивируются автоматически. Их нужно деактивировать в ручную или при помощи API продукта.
    Можно выбрать элементы конкретного раздела (подраздела) через CIBlockElement::GetList
    http://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/classes/ciblockelement/getlist.php

    Затем в цикле деактивировать каждый CIBlockElement::Update:
    http://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/classes/ciblockelement/update.php

    Если у вас возникнут сложности-наш отдел внедрений поможет вам написать скрипт для деактивации всех товаров в деактивированном разделе.