• Если вы деактивировали раздел инфоблока каталога, а он появляется в меню, необходимо сделать следующее:
    На странице автокеширования-сбросить кеш меню:
    https://www.screencast.com/t/DYzTUNMz
    И проверить работу.

    Если это не помогло:
    Необходимо сделать пересортировку разделов. Для этого, в командной php строке выполните код:
    CModule::IncludeModule('iblock');
    CIBlockSection::ReSort(ID);
    https://www.screencast.com/t/TjP8A3sMByZ4

    Где ID-это ID вашего инфоблока товаров.

    После этого-повторить сброс кеша меню.